পৃথিবীতে সব কিছুর বৈজ্ঞানিক ব্যাখ্যা খুঁজে পাওয়া মুশকিল। নিষ্কলঙ্কেশ্বর শিব মন্দিরেও রয়েছে এমন রহস্য যার সমাধান আজও কেউ পায়নি।
গুজরাটের ভব নগরকে আরব সাগরের নীচে এই মন্দির নিয়ে নিয়ে নানা কথা প্রচলিত আছে। সমুদ্রতীর থেকে প্রায় ১.৫ কিলোমিটার হাঁটলে তবে দর্শন পাওয়া যায় এই শিবলিঙ্গের। তবে দিনের যে কোনও সময়ে গেলে দেখা পাওয়া যায় না মহাদেবের। দুপুর একটা রাত ১০টার মধ্যে তবেই নিষ্কলঙ্কেশ্বর মন্দিরের দেখা মেলে। দিনের বাকি অংশটা জলের তলায় থাকে। সেই সময়ে শুধু মন্দিরে উপরের পতাকাই কেবল উড়তে দেখা যায়।
স্বাভাবিক সময়ে সমুদ্রের জলে ডুবে থাকে ২০ ফুট উঁচু এই মন্দির। কিন্তু দুপুর ১টা থেকে রাত ১০টা পর্যন্ত যেন সমুদ্র ফুঁড়ে উঠে আসে এই মন্দির। ঠিক রাত ১০টার পরেই আবার সমুদ্রগর্ভে চলে যায় নিষ্কলঙ্কেশ্বর মন্দির। প্রচলিত আছে, নিজেদের সমস্ত পাপ ধুয়ে ফেলার জন্যে আরব সাগরের নীচে পাঁচটি শিবলিঙ্গ গড়েন পাণ্ডবরা। তাই এই মন্দিরের নাম নিষ্কলঙ্কেশ্বর।